云南省农业科学院农产品加工研究所于2016年5月30经省编委正式批准成立，为公益一类独立法人事业单位，核定事业编制60人，位于昆明市五华区学云路9号。研究所紧紧围绕云南省主要粮经作物和特色农产品产业发展需要，以植物功能物质发掘利用研究，重要农产品的初加工、储运保鲜、精深加工技术研究，农产品（食品）营养成份和质量安全控制研究，农业废弃物（加工副产物）的综合利用研究等为重点和突破口，开展农产品加工新技术新产品研发，解决全省农产品加工业发展中的方向性、公共性、关键性的科技问题，为云南打造世界一流“绿色食品牌”，促进高原特色农产品加工、生物医药与大健康产业和食品加工业的发展提供强大的科技支撑；服务好精准脱贫、乡村振兴战略与“一带一路”倡议。

目前全所拥有科研试验、加工中试、展示体验、成果孵化等平台共5400余平米。建有农业部新食品资源重点实验室（昆明分中心）、昆明市高原特色农产品加工与质量安全重点实验室、珠海世通-农科院加工所超高压工程研究中心等科技创新平台；建成农科院科技产品展示中心近200平米、科技产品体验中心400多平米、加工所-惟恒基业三产融合创新中心500多平米。全所共有各类科研试验仪器设备60余台（套），价值近千万元。